Группа была основана в Хельсинки в 1990 году, и дебютировала первым альбомом, Bump 'n' Grind, на независимом лейбле Gaga goodies в 1992 (в России группа издавалась на независимом лейбле Art Music Group). Этот альбом, выдержаный в стиле «Гаражный рок», не снискал значительной популярности. Два следующих альбома, Motor City Resurrection и Savage Garden, были немногим успешнее, второй альбом был издан кроме Финляндии также в Японии. На них группа стала тяготеть к глэм-року.
В 1997 году продюсером 69 Eyes стал Тимо Толкки, лидер Stratovarius. Под его руководством группа стала приобретать более широкую известность. С альбомом «Wasting the Dawn», посвященным памяти Джима Моррисона, 69 Eyes изменили звучание в сторону готик-рока. Группа также использовала стилистику рок-н-ролла 50-х, вокалист Юрки начал подражать Элвису Пресли.
Группой заинтересовался Джонни Ли Майклс, спродюсировавший альбом «Blessed be». Сингл с альбома, Gothic Girl, завоевал «золотой» статус в Финляндии. 69 Eyes начали принимать участие в фестивалях готической музыки, таких как фестиваль M’era Luna. В поддержку альбома группа провела тур по Германии совместно с Paradise Lost. Следующий альбом, Paris Kills, на несколько недель занял первую строчку чарта самых продаваемых альбомов в Финляндии. Тур в поддержку альбома завершился концертом в Хельсинки, на арене Тавастия, который был выпущен на DVD под названием «Helsinki Vampires».
Перейдя на крупный лейбл EMI Virgin Records, группа выпустила свой наиболее успешный альбом Devils. Альбом и сингл Lost Boys с него стали «золотыми», а на песню Lost Boys был снят видеоклип, срежиссированный Бэмом Марджерой (снимавшим клипы для HIM), который первым из клипов 69 Eyes попал в постоянную ротацию на MTV. Группа впервые добилась известности за пределами Европы и совершила несколько концертов в США, прежде чем приступить к записи нового альбома Angels.
В 2009 году выходит десятый полноформатный альбом "Васк in Blood", спродюсированный Мэттом Хайдом, обладателем премии Грэмми, известным по работе со Slayer и Monster Magnet. Он сделал ставку на мощный гитарный звук и хитовость. Лирически финны вернулись к излюбленной вампирской тематике.